科学技术处下设七个办公室/工作部，分别为：

（一）综合办公室

职能如下：

综合管理、人文社科项目申报管理、信息化建设。

（二）项目一部

职能如下：

国家科技计划项目、省部级项目申报与管理；

国防军工项目及相关平台基地的申报与管理。

（三）项目二部

 职能如下：

 国家自然科学基金、深圳市科技计划各类项目申报与管理。

（四）平台基地部

 职能如下：

 各类科研平台、创新载体的申报与管理；科研仪器采购、验收等相关业务。

（五）奖励办公室

职能如下：

各级奖项的申报与管理。

（六）对外合作部

 职能如下：

 校地、校企合作及联合实验室设置与管理。

（七）成果转化办公室

 职能如下：

 科技成果转化相关事宜、知识产权管理。